تولى علي ماهر مهمة تدريب منتخب مصر خلفًا لحسام حسن، ليبدأ المدير الفني الجديد للفراعنة مرحلة مختلفة مع المنتخب الوطني، بعدما جمعته بالعميد عدة مواجهات مباشرة خلال مشوارهما التدريبي في الكرة المصرية، شهدت تفوقًا للأخير. مواجهات حسام حسن ضد علي ماهر وشهدت المواجهات المباشرة بين المدربين تفوقًا لحسام حسن، الذي حقق الفوز في 3 مباريات من أصل 5 مواجهات جمعتهما، بينما انتهت مباراتان بالتعادل، دون أن يتمكن علي ماهر من تحقيق أي انتصار على العميد خلال تلك اللقاءات. واستمرت المواجهات بين المدربين بعد ذلك، ومن بينها اللقاء الذي جمع المصري البورسعيدي بقيادة حسام حسن مع فيوتشر بقيادة علي ماهر، يوم 24 يناير 2023، وانتهى بالتعادل الإيجابي بهدف لكل فريق. وبذلك تشير المواجهات الموثقة إلى 6 مباريات جمعت المدربين، حقق خلالها حسام حسن 3 انتصارات، مقابل 3 تعادلات، فيما لم يحقق علي ماهر أي فوز. ويبدأ علي ماهر مهمته الجديدة مع منتخب مصر خلفًا لحسام حسن، وسط تطلعات جماهير الكرة المصرية لقيادة الفراعنة نحو تحقيق
نتائج إيجابية خلال المرحلة المقبلة، وكتابة فصل جديد في مسيرة المنتخب الوطني.