أعلن نادي وادي دجلة رحيل محمد الشيخ عن منصب المدير الفني للفريق الأول لكرة القدم، عقب الخسارة أمام مودرن سبورت بنتيجة 2-1، في الجولة الرابعة من منافسات الدوري المصري الممتاز، لتكتب المباراة نهاية مشوار المدرب الشاب مع «الغزلان». وتولى محمد الشيخ القيادة الفنية للفريق الأول بوادي دجلة في موسم 2024-2025، بعدما تدرج داخل النادي، حيث عمل مدربًا مساعدًا لفريق تحت 21 عامًا، قبل أن يتولى تدريب الفريق ثم يتم تصعيده لقيادة الفريق الأول. 45 مباراة في موسمه الأول قدم الشيخ موسمًا مميزًا مع وادي دجلة في موسم 2024-2025، حيث قاد الفريق في 45 مباراة بمختلف البطولات، حقق خلالها 18 انتصارًا، مقابل 16 تعادلًا و11 هزيمة. وكان أبرز إنجازاته قيادة وادي دجلة للعودة إلى الدوري المصري الممتاز بعد غياب 4 سنوات، بعدما حسم الفريق صعوده رسميًا قبل جولتين من نهاية دوري المحترفين. موسم قوي في الدوري الممتاز واصل محمد الشيخ نجاحه مع وادي دجلة خلال موسم 2025-2026، وقاد الفريق في أول مواسمه بعد العودة إلى الدوري
الممتاز، لينهي الموسم في صدارة مجموعة تفادي الهبوط برصيد 53 نقطة. وخلال المرحلة النهائية من المسابقة، حقق وادي دجلة تحت قيادته 6 انتصارات و6 تعادلات مقابل هزيمة واحدة فقط، كما سجل الفريق 29 هدفًا واستقبلت شباكه 13 هدفًا خلال تلك المرحلة. ولم تقتصر نتائج الشيخ على الدوري، حيث قاد وادي دجلة إلى نصف نهائي كأس عاصمة مصر، قبل الخروج أمام إنبي، كما ودع الفريق كأس مصر من دور الـ32 أمام بتروجت، وحقق المركز الثالث في كأس الرابطة بعد الفوز على زد بهدفين دون رد. بداية الموسم الحالي ونهاية المشوار وجدد وادي دجلة ثقته في محمد الشيخ خلال يونيو 2026، ليستمر في قيادة الفريق للموسم الجديد، بعد المستويات التي قدمها منذ توليه المسؤولية. وفي الموسم الحالي 2026-2027، قاد الشيخ وادي دجلة خلال أول 4 جولات من الدوري، حقق خلالها الفريق فوزًا واحدًا وتعادلين وهزيمة، ليحصد 5 نقاط، قبل أن تقرر إدارة النادي إنهاء مهمته عقب الخسارة أمام مودرن سبورت.